Precompiled header는 해당 project의 모든 cpp에서 항상 맨 첫 번째로 include돼야 합니다. 안 그러면 이상한 compile 오류가 납니다.
자주 변경되는 header를 precompiled header 안에 넣어 놓으면, header가 바뀔 때마다 project의 모든 cpp를 다시 compile하기 때문에 오히려 느려질 수 있습니다.
Precompiled header 설정을 했는데 header를 찾을 수 없다고 나오는 경우엔
하나의 cpp file만 precompiled header를 생성(미리 컴파일된 헤더 만들기(/Yc))하게 하고, 다른 것은 사용(미리 컴파일된 헤더 사용(/Yu))으로 맞추면 됩니다. (참고: http://somma.egloos.com/2723641) 가장 변경이 적게 일어나는 cpp에 생성 option을 주는 게 compile 속도 향상에 좋습니다.
Precompiled header를 쓰지 않던 project에 precompiled header를 적용했더니, 1분 37초가 걸리던 rebuild all 시간이 18초로 줄었네요. (540% 속도 향상 -_-)

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